Dunia Duel Monster sekali lagi berkembang dengan pengembangan jaringan yang disebut Link Vrains dan mekanik pemanggilan baru yang diperkenalkan sebagai Link Summoning. Dengan menggunakan dunia maya ini, para duelist sekarang dapat membuat avatar mereka sendiri dan berduel menuju kejayaan dalam realitas virtual.

Namun, seperti halnya dunia nyata, dunia digital tidak lepas dari perang, konflik, dan misteri. Bertahun-tahun yang lalu, sebuah organisasi peretas yang dikenal sebagai Knights of Hanoi melancarkan serangan ke Link Vrains. Dipimpin oleh Revolver anonim, tujuan mereka adalah untuk memusnahkan program kecerdasan buatan yang dikenal sebagai Cyberse. Setelah upaya yang gagal, salah satu target mereka, Ignis, berhasil melarikan diri dan menyembunyikan Cyberse di suatu tempat di jaringan.

Lima tahun kemudian, siswa sekolah menengah Yuusaku Fujiki menemukan program kecerdasan buatan yang aneh saat berduel di Link Vrains. Dengan kedok avatarnya bernama Playmaker, Yuusaku dan rekannya dalam kejahatan, Shouichi Kusanagi, memutuskan untuk bergabung dengan keberadaan yang aneh. Saat ia mencari kebenaran di balik insiden misterius di masa lalu, Yuusaku bertempur melawan Knights of Hanoi dan SOL Technologies dalam perlombaan yang mungkin mengubah nasib dunia.