Academy City, Jepang, adalah yang terdepan dalam sains. Selain 30 tahun di depan dunia secara teknologi, lebih dari tiga perempat penduduk kota yang aneh ini terdiri dari siswa yang mengembangkan kemampuan psikis mereka sebagai esper di berbagai institusi. Di antara para siswa ini adalah Touma Kamijou, seorang siswa sekolah menengah dengan peringkat psikis terendah nol, tetapi dengan kekuatan misterius yang tidak dapat dipahami oleh ilmuwan: “Imagine Breaker,” yang memungkinkannya untuk meniadakan kemampuan supernatural lainnya.

Namun, ini tidak mempengaruhi kehidupan Kamijou sedikit pun karena ia memainkan perannya sebagai remaja biasa; yaitu, sampai dia bertemu dengan Index Librorum Prohibitorum yang aneh, seorang gadis muda yang telah menghafal keseluruhan grimoire terlarang, dan sekarang sebuah organisasi berbahaya sedang memburu Index. Dengan beberapa penyihir yang ingin menyakiti gadis itu, Kamijou akan membela rekan barunya dengan segala cara saat ia menemukan dunia baru yang aneh dari supranatural.