Catatan Surgawi berbicara tentang keberadaan “Seraphim,” ras makhluk ilahi yang memberikan berkah kepada umat manusia dan didoakan oleh mereka sebagai balasannya. Mereka yang diurapi dengan kemampuan untuk berinteraksi dengan roh-roh ini dikenal sebagai “Gembala”. Dipuji sebagai pahlawan karena penampilan mereka yang cepat di saat krisis, sementara juga ditakuti karena kekuatan mereka, Gembala dicantumkan dalam cerita rakyat umum bersama dengan Seraphim.

Sorey adalah manusia muda yang telah menghabiskan seluruh hidupnya hidup dalam harmoni bersama Seraphim di desa Elysia. Terpesona oleh mitos Catatan Surgawi, ia menjelajahi beberapa reruntuhan terdekat dengan Mikleo, teman Seraphim masa kecilnya, berharap untuk mencerahkan dirinya sendiri tentang sejarah Seraphim dengan umat manusia.

Sayangnya, mereka terjebak di kedalaman situs bersejarah selama penyelidikan mereka. Saat mencari jalan keluar, mereka menemukan seorang gadis misterius yang putus asa mencari bantuan dari Gembala untuk menyelamatkan dunia, yang di ambang dikonsumsi oleh kegelapan. Terlepas dari peringatan Mikleo tentang melakukan kontak dengan manusia lain, Sorey memutuskan untuk membantu orang asing itu, yang tanpa sadar membawanya lebih dekat ke mimpi hidup berdampingan secara damai antara manusia dan Seraphim.