Suatu hari sepulang sekolah, siswa sekolah menengah pertama Yomogi Asanaka bertemu dengan seorang pria kelaparan di bawah jembatan. Memperkenalkan dirinya sebagai Gauma, drifter aneh itu memberi tahu Yomogi bahwa dia adalah “pengguna kaiju,” seseorang yang berurusan dengan monster “kaiju” yang membahayakan kota dan warganya.

Malam berikutnya, Yomogi bertemu dengan Gauma dan teman sekelasnya Yume Minami. Secara bersamaan, kaiju muncul di daerah berpenduduk kota. Karena kurangnya pengalaman Gauma mengendalikan kaiju, ia mengeluarkan benda misterius dari kantong bercahaya, memanggil robot raksasa yang dikenal sebagai Dynazenon. Membutuhkan kerja sama empat orang, mecha menyeret Gauma, Yomogi, Minami, dan Koyomi Yamanaka seorang pria pengangguran yang berkeliaran di jalan ke kokpitnya.

Pertemuan mereka dengan kaiju menandai awal dari keterjeratan mereka dengan pengguna kaiju eugenicist kaiju yang memanipulasi kaiju dengan niat buruk dan upaya mereka untuk mengeluarkan potensi penuh Dynazenon.