Pianis klasik introvert dan siswa top Kaoru Nishimi baru saja tiba di Kyushu untuk tahun pertama sekolah menengahnya. Karena terus berpindah dari satu tempat ke tempat lain sejak masa kanak-kanaknya, dia meninggalkan semua harapan untuk menyesuaikan diri, mempersiapkan dirinya untuk tahun yang sepi dan tidak berarti lagi. Begitulah, sampai dia bertemu dengan penjahat terkenal Sentarou Kawabuchi.

Kecintaan Sentarou yang tak terukur pada musik jazz menginspirasi Kaoru untuk mempelajari lebih lanjut tentang genre tersebut, dan sebagai hasilnya, dia perlahan-lahan mulai keluar dari cangkangnya, menjadi teman pertamanya. Kaoru mulai bermain piano pada sesi jazz sepulang sekolah, yang terletak di ruang bawah tanah toko kaset milik keluarga sesama siswa Ritsuko Mukae. Saat dia menemukan kegembiraan yang luar biasa dalam menggunakan bakat musiknya untuk membawa kesenangan bagi dirinya dan orang lain, musim panas Kaoru mungkin akan berubah menjadi musim panas yang akan dia ingat selamanya.

Sakamichi no Apollon adalah kisah persahabatan, musik, dan cinta yang mengharukan yang mengikuti tiga individu unik yang disatukan oleh penghargaan timbal balik mereka terhadap jazz.