Tarik senjatamu dan bidik, karena Sabagebu! akan datang padamu!

Momoka Sonokawa baru saja mengurus bisnisnya sendiri di kereta suatu hari ketika dia bertemu dengan orang mesum. Sebelum dia bisa berbuat apa-apa, seorang gadis bernama Miou muncul, mengacungkan dua pistol dan membuatnya takut, hanya untuk ditangkap sendiri beberapa menit kemudian karena memiliki senjata api.

Kemudian Momoka melihat gadis yang sama di sekolahnya dan mengikutinya ke gedung yang rusak. Ternyata Miou adalah ketua dari Sekolah Survival Game Club, dan tidak butuh waktu lama bagi Miou untuk menangkap Momoka dan memaksanya untuk bergabung dengan mereka.

Selama seri, Momoka dan “teman” barunya akan mengambil bagian dalam beberapa pertempuran melawan musuh dari sekolah lain, saingan dari sekolah yang sama yang ingin melihat klub ditutup dan bahkan satu sama lain (dalam beberapa kesempatan). Dengan teman dan teman sekelas seperti ini, apakah Momoka akan berhasil lulus?