Selama peristiwa Rozen Maiden asli, setelah melingkari “ya” di atas kertas dan setuju untuk memutar “sesuatu” yang tidak diketahui, Jun Sakurada yang trauma bertarung bersama boneka manusia hidup yang dikenal sebagai Rozen Maidens. Tapi apa yang akan terjadi jika Jun melingkari “tidak”?

Jun, setelah mengatasi trauma sekolahnya dari masa mudanya, menghabiskan waktunya untuk kuliah dan bekerja di toko buku. Namun, dia tidak merasa seperti berada di mana pun. Suatu hari, dia menemukan sebuah buku yang berisi instruksi tentang cara membuat Rozen Maiden. Secara misterius, ketika dia tiba di rumah malam itu, jilid kedua dari seri buku telah dikirim ke rumahnya, bersama dengan beberapa potongan boneka. Tapi tiba-tiba saat mereka mulai berdatangan, buku-buku itu berhenti datang, dan Jun mendapat pemberitahuan yang mengatakan bahwa buku-buku itu telah berhenti diterbitkan. Dengan boneka yang tidak lengkap di tangan, dan pesan dari dirinya yang lain di dunia lain, Jun ini juga menemukan jalannya ke dunia Rozen Maidens.