Project Scard menggambarkan pertemuan dan pertempuran orang-orang yang memiliki tato yang memiliki kekuatan tersegel dari dewa dan binatang buas. Cerita berlatar di Zona Khusus Akatsuki, zona tanpa hukum di Tokyo.

“Helios” adalah mereka yang menggunakan kemampuan tato untuk melindungi kota, “Artemis” berkomitmen untuk menjaga keamanan dan kontrol, dengan motif komersial yang kuat, dan “Layanan Khusus Keamanan Publik” adalah Staf Scard dari polisi metropolitan departemen. Mereka menjalani hari-hari yang bergejolak untuk terus berjalan.