Suatu insiden di masa lalu menyebabkan Amamiya Ren terpaksa pindah sekolah di Tokyo. Pada hari pertamanya, kasus lain menimpa Ren di mana ia secara tidak sengaja membangkitkan suatu kekuatan mistis bernama Persona – suatu manifestasi atas diri seseorang. Di sinilah petualangan Ren dimulai sebagai anggota dari “Phantom Thieves” yang bertugas untuk membasmi kebusukan dalam hati manusia.