Ainz Ooal Gown, penyihir undead yang sebelumnya dikenal sebagai Momonga, telah menerima tempatnya di dunia baru ini. Meskipun memiliki kemiripan dengan game realitas virtual kesayangannya Yggdrasil, game ini masih menyimpan banyak misteri yang ingin ia ungkap, dengan memanfaatkan kekuatannya sebagai penguasa Great Tomb of Nazarick. Namun, sejak bencana cuci otak salah satu bawahannya, Ainz menjadi waspada terhadap bahaya yang akan datang dari Teokrasi Slane, serta kemungkinan keberadaan mantan pemain Yggdrasil lainnya. Sementara itu, Albedo, Demiurge dan penjaga setia Ainz lainnya bersiap untuk langkah selanjutnya dalam kampanye mereka: perang pertama Nazarick…

Overlord II mengambil segera setelah prekuelnya, melanjutkan kisah Ainz Ooal Gown, pasukan eklektik penjaga yang membenci manusia, dan banyak manusia malang yang terpengaruh oleh kedatangan Overlord.