Otaku Kirino Kousaka telah kembali dan menetap kembali ke kehidupan di Jepang bersama teman dan keluarganya. Terlepas dari apa yang telah dilakukan kakak laki-lakinya Kyousuke sebelumnya untuknya, Kirino terus memberinya sikap dingin, yang membuatnya frustrasi. Dia khawatir bahwa bujukannya kepada Kirino untuk menghentikan pelatihan atletiknya di Amerika dan pulang ke rumah mungkin telah membuat hubungannya dengan dia menjadi sangat tegang. Selain itu, Kyousuke sekarang juga harus memecahkan kode pesan yang berani dan samar dari Ruri “Kuroneko” Gokou, juniornya di sekolah sekaligus teman Kirino.

Saat ikatan antara dua saudara kandung dan teman-teman mereka semakin dalam, Kirino dan Kyousuke harus segera mencari tahu bagaimana mereka ingin menangani hubungan ini, membantu satu sama lain menyadari perasaan mereka sendiri dalam prosesnya. Meski begitu, Kirino masih bisa meluangkan waktu untuk memenuhi kebutuhan otaku dengan ditemani kakaknya.