Siswa sekolah menengah tahun kedua Ichirou Satou selalu menjadi orang biasa, sampai dia mengalami situasi yang tidak terlalu rata-rata dengan gurunya, Kana “The Demon” Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou dengan reputasi sangat kejam sehingga bahkan para berandalan sekolah pun tunduk padanya. Suatu hari yang menentukan, hal-hal meningkat ketika Satou bertemu dengan Kojima di kamar kecil, membuat mereka berbagi pertemuan intim yang membuat imajinasinya menjadi liar selama berhari-hari setelahnya.

Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat dengan setiap pertemuan.