Di alam semesta yang akrab namun berbeda, kutu buku dan gamer pemalu Yuki Nagato adalah presiden Klub Sastra SMA Utara. Teman-temannya, Ryouko Asakura yang terlalu berhati-hati dan Kyon yang biasa-biasa saja, adalah satu-satunya anggota klub lainnya. Namun demikian, Yuki menikmati kedamaian dan ketenangan yang dia bagikan dengan mereka, terutama saat dia bersama Kyon, yang dia sukai. Ditambah dengan Tsuruya dan Mikuru Asahina-san, dua sahabat dengan kepribadian berlawanan yang sering mampir ke Klub Sastra.

Saat berjalan kembali ke apartemennya pada hari yang dingin di bulan Desember, Yuki dipaksa menggambar simbol aneh di tanah oleh seorang gadis yang diduga berusaha menangkap Sinterklas. Gadis itu memperkenalkan dirinya sebagai Haruhi Suzumiya, seorang siswa eksentrik dari Akademi Kouyouen bergengsi yang sedang berburu alien, penjelajah waktu, dan esper. Ketika Haruhi dan temannya Itsuki Koizumi tiba-tiba muncul di ruang klub, mereka menyatakan diri mereka sebagai anggota resmi Klub Sastra, dengan Haruhi mengambil tempat tinggal sebagai presiden eksekutif.

Dengan hari-hari tenang Klub Sastra sekarang di belakang mereka, Yuki dan teman-temannya terjebak dalam serangkaian kesialan di bawah kepemimpinan Haruhi dengan setiap insiden membawa Yuki dan Kyon lebih dekat dari sebelumnya.