Di Jepang Feodal, orang-orang Edo dikepung oleh serangga raksasa yang merusak tanah. Orang-orang sangat memohon kepada pemerintah untuk melakukan sesuatu tentang hal itu. Dengan demikian Kantor Magistrate Serangga didirikan, mengumpulkan prajurit yang kuat untuk bertahan melawan serangan hama.

Mushibugyou mengikuti Jinbee Tsukishima, seorang pemuda yang berjuang untuk menjadi ahli pedang seperti ayahnya. Untuk menebus insiden mengerikan yang terjadi karena kesalahannya, Jinbee berusaha menggantikan ayahnya sebagai anggota Kantor Magistrate Serangga. Dalam perjalanannya ke sana, ia bertemu Haru yang cantik, seorang wanita muda yang membantu mengelola rumah teh keluarganya, dan terpaksa menggunakan pedangnya untuk menyelamatkannya dari nasib buruk. Tindakan keberanian inilah yang memberinya tempat di Magistrate Serangga. Akankah pembasmi pemula ini dapat membersihkan tanah dari gerombolan serangga yang berkerumun?