Lima puluh tahun yang lalu, makhluk mengerikan yang dijuluki sebagai “musuh umat manusia” tiba-tiba muncul di seluruh dunia. Untuk memerangi ancaman ini, remaja berbakat dengan kemampuan supranatural yang disebut “Bakat” seperti pyrokinesis dan perjalanan waktu mengasah kekuatan mereka di sebuah akademi di sebuah pulau terpencil.

Nanao Nakajima, bagaimanapun, sangat berbeda dari yang lain di pulau itu: dia tidak memiliki Bakat. Dengan banyaknya remaja “Berbakat” di sekitarnya, Nanao sering menjadi sasaran bullying, tetapi meskipun demikian, ia tetap berusaha untuk menyelesaikan pelatihannya. Segera setelah itu, dua siswa pindahan, Kyouya Onodera yang misterius dan Nana Hiiragi yang membaca pikiran, bergabung dengan kelas. Tapi saat semua orang mulai berbaur sebagai kawan seperjuangan, penghilangan misterius mulai mengancam seluruh yayasan kelas.