Pada tahun 0096 Abad Universal, perdamaian yang rapuh muncul dari abu konflik. Siswa berusia enam belas tahun, Banagher Links, mengunjungi koloni luar angkasa Industrial 7 dalam kunjungan lapangan sekolah, tetapi karena pesawat ulang-alik yang rusak, dia benar-benar terdampar.

Bagi Banagher, yang selalu menjalani kehidupan normal, perang selalu menjadi bagian sejarah yang jauh dan hampir mistis; tetapi dalam beberapa menit, fantasi menjadi kenyataan ketika dia menyelamatkan seorang gadis bernama Audrey Burne, yang sangat perlu bertemu dengan pemimpin Yayasan Vist terdekat, Cardeas Vist. Dia berharap dapat membujuknya untuk menahan “Kotak Laplace,” sebuah objek yang berpotensi menghancurkan dunia. Sejarah mulai bergerak saat kekuatan galaksi berkumpul di Industrial 7, masing-masing berlomba untuk memiliki Kotak Laplace. Saat sisa-sisa Neo Zeon berbenturan dengan Pasukan Federasi Bumi di sekitar koloni, Cardeas, di saat-saat terakhirnya, memberikan Banagher kunci Kotak, sebuah mobile suit yang dijuluki “The Unicorn Gundam.”

Dikemas dengan aksi eksplosif dan ketegangan yang meningkat, Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096 mengikuti Banagher saat keyakinannya diuji dan takdir yang telah terbengkalai selama lebih dari satu abad akhirnya terwujud.