Berada di sekitar gadis-gadis imut yang mengenakan pakaian imut adalah keinginan Eruna Ichinomiya. Karena Sekolah Menengah Mikagura kebetulan memiliki seragam yang paling lucu, dia memutuskan untuk mendaftar di sekolah menengah bergengsi yang terkenal dengan klub budayanya.

Namun, dia tidak menyadari bahwa bergabung dengan klub itu wajib, dan perwakilan dari setiap klub harus bertarung untuk mendapatkan peringkat. Berdasarkan peringkat ini, anggota klub diberikan perumahan dan makanan. Mengejar Seisa Mikagura, gadis tercantik di sekolah, Eruna bergabung dengan klub pulang-pergi tetapi mendapati dirinya didorong untuk bertarung dalam pertempuran klub berikutnya. Dengan perwakilan klub lain yang memiliki kekuatan unik, persaingan pasti akan sengit!

Berdasarkan serial lagu populer, Mikagura Gakuen Kumikyoku mengikuti Eruna saat dia menjelajahi berbagai klub di sekolah dan membantu para anggota dengan kehidupan mereka yang bermasalah, yang semuanya juga bersaing untuk mendapatkan posisi teratas di sekolah.