Medaka Kurokami, dalam arti sebenarnya, adalah sempurna. Cantik, cerdas, dan atletis, impian Medaka adalah membuat orang lain bahagia. Jadi ketika dia mencalonkan diri sebagai Ketua OSIS dari Akademi Hakoniwa yang bergengsi, memenangkan pemilihan dengan 98% suara hanya bisa diharapkan.

Hal pertama yang dilakukan presiden baru yang riuh itu adalah menyiapkan “Kotak Medaka”, kotak saran yang memungkinkan siswa mengajukan permintaan bantuan apa pun. Bersama dengan Zenkichi Hitoyoshi yang sinis, teman masa kecilnya yang bersenjata kuat untuk membantu, Medaka memenuhi permintaan ini dengan kecepatan yang menggelikan. Untuk setiap pekerjaan yang diselesaikan, dia menambahkan bunga ke ruang OSIS, dengan tujuan memenuhi seluruh sekolah. Namun, keduanya akan mengetahui bahwa membantu orang lain mungkin jauh lebih sulit daripada yang mereka pikirkan saat mereka mulai mengungkap rencana menghancurkan yang berpusat pada akademi dan bahkan Medaka sendiri!