Setiap hari, Aya Asagiri berpikir untuk bunuh diri. Dia diganggu tanpa henti di sekolah, dan di rumah, kakak laki-lakinya Kaname secara fisik melecehkannya untuk menghilangkan tekanan akademis yang diberikan kepadanya oleh ayah mereka.

Suatu malam, saat dia terbangun dan mengharapkan kematian, sebuah situs web misterius bernama Situs Gadis Ajaib muncul di laptopnya, menjanjikan untuk memberikan kekuatan magisnya. Pada awalnya, dia menolaknya sebagai lelucon yang menyeramkan, tetapi ketika dia menemukan senjata ajaib di loker sepatunya keesokan harinya, dia tidak tahu harus percaya apa. Memutuskan untuk membawanya, dia segera bertemu dengan pengganggunya sekali lagi. Tapi kali ini, putus asa untuk menyelamatkannya, dia menggunakan senjatanya dan penyerangnya diangkut ke perlintasan kereta api terdekat, di mana mereka dilindas.

Hati nurani Aya tidak mampu menangani fakta bahwa dia membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan dia mati-matian mencoba memahami situasinya. Namun, ketika dia menemukan dirinya dalam masalah lagi, dia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, teman sekelas yang bisa menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Duo ini memiliki banyak hal yang harus dilakukan: mereka tidak hanya harus bertarung bersama dan melawan gadis penyihir lainnya, tetapi mereka juga perlu mengungkap kebenaran di balik situs web dan peristiwa apokaliptik yang dikenal sebagai “The Tempest” yang akan segera terjadi.