Setelah merayakan kemenangan mereka melawan Al-Thamen, Aladdin dan teman-temannya meninggalkan tanah Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tiba saatnya bagi mereka masing-masing untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asal mereka, Kekaisaran Kou. Sementara itu Aladdin mengumumkan bahwa dia perlu menuju Magnostadt, sebuah negara misterius yang diperintah oleh para penyihir untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih mahir dalam sihir. Untuk bagian mereka, didorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana juga berangkat mengejar tujuan mereka sendiri: berlatih dan pergi ke tanah airnya, masing-masing.

Magi: The Kingdom of Magic mengikuti teman-teman ini saat mereka semua melakukan petualangan masing-masing, masing-masing menghadapi tantangan mereka sendiri. Namun, ancaman baru mulai muncul saat perang besar membayangi…