Setelah pesawat ruang angkasa misterius menabrak Bumi, umat manusia menyadari bahwa mereka tidak sendirian. Khawatir akan ancaman potensial dari luar angkasa, dunia menyingkirkan nasionalisme, kepentingan yang saling bertentangan, dan perbedaan budaya mereka, bersatu di bawah panji Perserikatan Bangsa-Bangsa. Pasukan PBB yang baru dibentuk memutuskan untuk menggunakan kembali pesawat luar angkasa asing tersebut, menamakannya SDF-1 Macross. Sayangnya, pada hari pelayaran perdananya, armada pesawat ruang angkasa milik ras alien yang dikenal sebagai Zentradi turun ke Bumi, dan SDF-1 Macross, bertindak atas kemauannya sendiri, menembak jatuh skuadron yang masuk, memicu intergalaksi. perang.

Dalam upaya untuk melarikan diri, Macross mencoba meluncurkan dirinya ke orbit Bulan, tetapi kapal serta kota tempat ia berada diteleportasi ke ruang angkasa yang jauh. Terperangkap dalam kekacauan ini adalah Hikaru Ichijou, seorang pilot akrobatik berjiwa bebas, dan Minmay Lynn, seorang calon penyanyi. Keduanya, bersama kru Macross, mengalami perjalanan epik yang penuh dengan kesedihan dan drama, berhadapan langsung dengan kekejaman perang di sepanjang jalan.