Mengikuti Little Busters setelah mereka kalah dalam pertandingan bisbol pertama mereka, tim memutuskan untuk mengadakan pesta pancake. Sudah hampir satu semester sejak kembalinya Kyousuke Natsume. Seperti biasa, Riki Naoe terus membantu anggota Little Busters baik yang lama maupun yang baru untuk menghadapi perjuangan batin mereka. Namun, kejadian aneh mulai terjadi, membuat Rin Natsume dan Riki semakin dekat untuk mengungkap kebenaran di balik “rahasia dunia ini.”

Sedikit yang Rin dan Rikki tahu, penemuan mereka pada akhirnya akan mengubah kehidupan sehari-hari yang damai yang diciptakan oleh Little Busters untuk selamanya. Little Busters!: Refrain membawa kesimpulan pada cerita penuh warna dari para pemain ansambelnya yang ditempa dengan beban emosi dan diperkuat dengan ikatan persahabatan saat mereka menerima penyesalan dan kelemahan mereka.