Berkisah tentang tokoh protagonis, Riki Naoe yang sudah kehilangan kedua orang tuanya sejak kecil. Riki adalah cowok yang kurang maskulin. Lalu, tiba-tiba ia diajak bergabung oleh sekelompok orang yang menamakan dirinya Little Busters! dengan anggota Kyosuke Natsume, ketuanya. Rin Natsume, satu-satunya gadis dalam grup itu dan adik perempuan Kyosuke. Masato Inohara, bisa dibilang dia itu bodoh. Dan Kengo Miyazaki, seorang yang berbakat menggunakan kendo.