Rinne Rokudou memiliki masalah yang lebih besar daripada pergi ke sekolah yaitu, membantu roh melewati kehidupan berikutnya. Karena tanggung jawab ini, ia sering mengalami kekurangan uang dan berjuang untuk membeli kebutuhannya: makanan, pakaian, dan alat pengusiran setan.

Sakura Mamiya sudah bisa melihat hantu sejak kecil. Dia berharap dia akan tumbuh lebih besar, tetapi bahkan setelah mulai sekolah menengah, tidak ada yang berubah. Lebih buruk lagi, pertama kali teman sekelasnya yang selalu absen, Rinne, muncul di sekolah, hanya Sakura yang bisa melihatnya. Dia berasumsi, seperti orang lain, bahwa dia adalah hantu. Namun, yang mengejutkan Sakura, Rinne melanjutkan sekolah seperti biasa keesokan harinya. Kyoukai no Rinne menceritakan perjalanan Sakura saat dia mengetahui sifat asli Rinne dan keberadaan dunia supranatural yang tersembunyi.