Bertahun-tahun yang lalu, umat manusia hampir dimusnahkan oleh serangga lapis baja magis besar yang telah menjadi terlalu kuat dan agresif untuk ditangani. Karena serangga raksasa ini, manusia tidak lagi hidup di bumi, melainkan di kota terapung. Namun, ini tidak berarti bahwa semuanya hilang, karena para penyihir dari akademi penyihir terapung bergengsi melawan monster-monster ini.

Kanata Age adalah seorang pemuda yang kini dicap sebagai pengkhianat meskipun ia pernah dipuji sebagai “Master Pendekar Pedang Hitam”. Dia mendapat kesempatan untuk memperbaiki reputasinya dengan menginstruksikan tim E601, yang tampaknya menghadapi beberapa kesulitan. Ini terdiri dari tiga gadis, Misora ​​Whitale, Lecty Eisenach, dan Rico Flamel, masing-masing dengan masalah mereka sendiri. Tampaknya Kanata akan masuk ke perairan dalam lebih dari sekali karena mereka…