Selama awal abad ke-21, Institut Penelitian Kurobe Perserikatan Bangsa-Bangsa didirikan di Jepang untuk menyelidiki artefak kuno, yang ditemukan selama pembangunan Bendungan Kurobe. Para ilmuwan dari seluruh dunia telah berkumpul di fasilitas tersebut untuk mempelajari objek tersebut, sementara anak-anak mereka menikmati kehidupan sehari-hari mereka bersekolah di Sekolah Menengah Atas Internasional Gunung Tate.

Yukina Shirahane, seorang gadis sekolah menengah yang pendiam, adalah putri kepala ilmuwan fasilitas tersebut. Saat mengunjungi ibunya di fasilitas tersebut, Yukina berhasil memecahkan sebagian teka-teki artefak. Yang mengejutkan, yang muncul di hadapannya adalah Kennosuke Tokisada Ouma, seorang samurai muda dari era Sengoku.

Saat ancaman mendekat dari luar angkasa, Yukina, bersama dengan Kennosuke, mendapati dirinya membela Bumi melawan pasukan penyerang. Sepanjang jalan, dia menemukan misteri di balik Kennosuke dan alasan dia bertekad untuk melindunginya.