Di kerajaan Earlshide, Merlin Wolford pernah dianggap sebagai pahlawan nasional, dipuji karena kekuatan dan prestasinya. Lebih memilih kehidupan yang tenang, dia mengasingkan diri jauh di dalam hutan pedesaan, mendedikasikan waktunya untuk membesarkan anak yatim piatu yang dia selamatkan. Anak yatim piatu ini adalah Shin, seorang pegawai biasa di Jepang modern yang bereinkarnasi ke dunia Merlin sambil tetap mempertahankan ingatan masa lalunya. Seiring berlalunya waktu, Shin menampilkan bakat yang tak tertandingi dalam casting sihir dan seni bela diri, yang membuat Merlin selalu takjub.

Namun, pada ulang tahunnya yang ke-15, menjadi jelas bahwa Shin hanya mengembangkan keterampilan tempurnya dan tidak ada yang lain, meninggalkannya dengan kecanggungan sosial yang mencolok, kurangnya akal sehat, dan rasa tanggung jawab yang lumayan. Alhasil, Shin mendaftar di Akademi Sihir kerajaan untuk mengasah kemampuannya dan menjadi dewasa di antara remaja lainnya. Namun, menjalani kehidupan normal tidak mungkin, karena ia ditetapkan sebagai selebriti lokal segera setelah ia tiba.

Kenja no Mago mengikuti kehidupan sekolah menengah Shin Walford di ibu kota saat dia mendapatkan teman baru, belajar tentang dunia, dan melawan berbagai kekuatan jahat yang mengelilinginya dan kotanya.