Inazuma Eleven Go: Chrono Stone diatur setelah Turnamen Sepak Bola Jalan Suci. Pahlawan saat itu, Tenma Matsukaze, bepergian ke seluruh Jepang untuk mengajarkan sepak bola kepada anak-anak.

Dia kembali ke Raimon Junior High School setelah menyelesaikan misinya, tapi yang mengejutkannya, Raimon tidak lagi sama dengan Junior High yang dia ingat. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Turnamen Sepak Bola Jalan Suci tidak ingat pernah ambil bagian dalam turnamen. Mereka tidak ingat Tenma atau permainan sepak bola yang mereka sukai. Saat Tenma bingung dengan perubahan ini, Alpha, pemimpin Agen Rute dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Alpha menyatakan bahwa ia dan timnya bertanggung jawab untuk menghapus gairah sepak bola di Raimon bersama dengan kenangan anggota klub sepak bola: dan Tenma sendiri adalah yang berikutnya.

Saat itulah seorang anak laki-laki aneh bernama Fei Rune muncul tepat pada waktunya untuk menyelamatkannya. Siapa Fei, dan mengapa Alpha ingin menghilangkan sepak bola untuk selamanya? Tenma tahu bahwa dia perlu melakukan segala daya untuk muncul sebagai pemenang. Ini adalah pertempuran yang bisa menyegel nasib sepak bola selamanya.