Berlangsung satu bulan setelah peristiwa yang terjadi di film Heaven is a Place on Earth. Tinggal di Sanzenin Mansion sekali lagi, Nagi kembali ke cara hidupnya yang lama, sampai dia menerima kabar dari otoritas Amerika yang memberi tahu dia bahwa dia memiliki waktu seminggu untuk mengambil barang-barang mendiang ayahnya yang tertunda tanpa batas waktu karena berbagai keadaan. Setelah menerima kabar tentang ayahnya yang tidak dia ingat, Nagi kemudian bertemu dengan seorang gadis misterius (dengan agenda tersembunyi) yang mengaku sebagai adik perempuan Nagi.

Serial ini menceritakan kisah baru yang asli dari anime dan tidak langsung berdasarkan manga. Penulis utama serial original Kenjiro Hata secara pribadi menciptakan konsep original untuk cerita anime ini.