Setelah Hakuouki berakhir, Chizuru Yukimura dan Shinsengumi terpaksa meninggalkan Kyoto dan berlayar ke Edo. Dalam ketidakhadiran komandan mereka Isami Kondou, wakil komandan Toshizou Hijikata masuk sebagai penjabat komandan. Namun, Hijikata tidak hanya berjuang dengan tugas kepemimpinan ekstra yang mengkhawatirkan semua orang di sekitarnya, tetapi juga haus darah baru yang tak terkendali. Lebih buruk lagi, dorongan itu tidak hanya mempengaruhinya, dan bahkan mulai membuat beberapa bawahannya marah.

Akhirnya, Kondou kembali dengan perintah dari kaisar untuk mempertahankan kastil, dan nama baru untuk pasukan mereka: Kouyou Chinbutai. Namun dalam perang, keseimbangan kekuatan bisa berubah tiba-tiba dan kesetiaan bisa goyah. Di Hakuouki Hekketsuroku, Chizuru mengikuti Shinsengumi ke jantung perang dan melanjutkan pencarian ayahnya yang hilang, sementara ikatan antara dia dan Hijikata tumbuh semakin kuat.