Pada tahun Regild Century 1014, seluruh milenium telah berlalu sejak akhir dari dongeng Universal Century, di mana legenda seperti Amuro Ray dan Char Aznable memerintah medan perang sebagai pilot mobile suit ace. Permukaan bumi yang dulunya diperebutkan dengan panas sekarang sebagian besar ditinggalkan, dengan umat manusia lebih memilih untuk tinggal di koloni luar angkasa dan permukaan bulan.

Siswa Capital Guard Academy Bellri Zenam menjalani kehidupan akademik yang damai, tetapi hari-hari normalnya berakhir dengan penangkapan pilot bajak laut Aida Surugan dan mobile suit-nya G-Self. Bellri merasakan hubungan mental yang kuat dengan G-Self dan menemukan bahwa dia mampu mengemudikannya. Dia segera menemukan dirinya dalam pertikaian dengan “Pengawal Ibu Kota,” sebuah faksi radikal yang mengikuti agenda rahasianya sendiri terlepas dari keinginan Tentara Amerian, yang masih memegang kekuasaan di Bumi. Bergabung dengan kru pesawat ruang angkasa Amerian Megafauna, Bellri dan Aida harus mengemudikan G-Self untuk meraih kemenangan melawan Pengawal Ibukota dan para pemimpinnya, Kolonel Kunpa Rushita yang karismatik dan Kapten Topeng yang penuh teka-teki.