Pada tahun ke-11 Era Meiji, berakhirnya keshogunan samurai dan pelarangan pedang telah meninggalkan Jepang dengan bekas luka yang bertahan lama. Tidak senang dengan perubahan baru-baru ini, banyak mantan samurai berkomplot melawan pemerintah baru, memicu gelombang pertumpahan darah. Untuk melawan gerakan ini, pemerintah membangun penjara kolosal di tengah Danau Biwa.

Secara tidak resmi ditugaskan untuk membantu polisi menangkap penjahat, Tenka Kumou juga melayani sebagai penambang ke penjara Danau Biwa dengan bantuan dua adiknya: Soramaru yang ambisius dan Chuutarou yang antusias. Bersama dengan mantan ninja Fuma Shirasu Kinjou, Kumou bersaudara menjalani kehidupan yang hemat dan menyenangkan yang sebagian besar didedikasikan untuk belajar dan berlatih.

Namun, di balik rutinitas harian yang relatif lancar ini, momok kutukan “Orochi” mulai menyebar ke seluruh kota Oumi. Menurut legenda, setiap tiga ratus tahun, Orochi bereinkarnasi di kapal manusia dan diyakini bahwa ini adalah pertanda bencana yang akan segera terjadi. Saat berbagai kelompok bentrok mencari kapal Orochi, beberapa bertujuan untuk menyegel kutukan, sementara yang lain memiliki rencana gelap yang sedang berjalan.