Kehilangan orang yang dicintai begitu menyakitkan sehingga seseorang terkadang berharap dapat membangkitkan kelemahan mereka yang dimanfaatkan oleh Millennium Earl yang penuh teka-teki. Untuk membuat senjata mekaniknya dikenal sebagai “Akuma,” dia menggunakan jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Setelah jiwa ditempatkan di Akuma, itu terjebak selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkan mereka adalah dengan mengusir mereka dari kapal mereka menggunakan senjata Anti-Akuma, “Innocence.”

Setelah menghabiskan tiga tahun sebagai murid General Cross, Allen Walker dikirim ke Orde Hitam sebuah organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan lengan sebagai Innocence-nya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa yang menderita di dalam Akuma, terserah kepada Allen dan rekan-rekan Exorcist-nya untuk menghentikan rencana pamungkas Milenium Earl: plot yang dapat menyebabkan kehancuran dunia.