Pada hari Juli yang cerah di tahun ke-41 Era Shinka, Jirou Hitoyoshi ditugaskan untuk diam-diam mendengarkan pertemuan rahasia antara ilmuwan top pemerintah dan mata-mata industri. Namun, penyamarannya terbongkar, dan mata-mata itu mengungkapkan dirinya sebagai alien yang menyamar. Di tengah kekacauan yang terjadi, Jirou meminta bantuan pelayan kafe dan gadis penyihir Kikko Hoshino, salah satu dari banyak “manusia super” yang berbaur dengan masyarakat dan diam-diam melindungi umat manusia dari ancaman makhluk luar angkasa. Sebagai anggota lembaga pemerintah yang dikenal sebagai Laboratorium Penelitian Populasi Super, Jirou memiliki tugas ganda melindungi manusia super yang membela umat manusia dan membuang semua yang dianggap terlalu berbahaya untuk hidup. Setelah membuktikan dirinya sebagai sekutu yang layak, Kikko diundang untuk bergabung dengan agensi tersebut sebagai rekrutan terbarunya.

Maju cepat lima tahun: ketidaksetujuan dan ketidaksukaan terhadap manusia super sekarang menjadi hal biasa di Tokyo. Dari korupsi pemerintah dan gagasan keadilan yang saling bertentangan, hingga moralitas hak asasi manusia super, hubungan antara manusia dan minoritas supernatural menjadi tidak stabil di dunia yang diliputi oleh bisikan keresahan dan kegelisahan. Dalam keadaan misterius, Jirou telah mengkhianati agensi, dan sekarang menjadi buronan. Saat dia menyelinap melalui lorong-lorong hujan di Shinjuku, dia dikejar oleh manusia super yang sama yang pernah dia rekrut.