Setelah Amagami SS, siswa sekolah menengah Junichi Tachibana melanjutkan hubungannya dengan gadis-gadis di sekolahnya. Amagami SS+ Plus menawarkan sekilas tentang apa yang terjadi setelah penyelesaian cerita individu masing-masing gadis.

Peristiwa baru mulai terjadi antara masing-masing gadis dan Junichi. Tsukasa Ayatsuji, perwakilan kelas, mencalonkan diri sebagai ketua OSIS; Rihoko Sakurai, yang telah mengambil alih Klub Teh dengan Junichi, masih ingin mengungkapkan perasaannya kepadanya; Ai Nanasaki mempertanyakan masa depan hubungannya dengan Junichi ketika dia berangkat kuliah; Kaoru Tanamachi bertanya-tanya apakah hubungannya dengan Junichi akan berlanjut lebih jauh; Sae Nakata dan Junichi berurusan dengan teman sekelas yang masih tidak percaya bahwa seseorang yang begitu imut adalah pacarnya; dan Haruka Morishima ingin membawa hubungan mereka ke tingkat selanjutnya dan menikah.